برخی از مبانی علم که در کتاب های روش تحقیق آمده است در ادامه مطرح می شود:

- بیکن معتقد است برای رسیدن به حقایق باید مستقیما در طبیعت به مشاهده پرداخت و تعصب ها و عقاید را که او خدایان دروغین نامیده است رها کرد

- اگر انسان بدون پیشداوری [بخوانید اعتقادات و ارزشها] اطلاعات لازم را جمع آوری کند کاملا بی نظری را [به عنوان یک ملاک مهم و یک ارزش ! علمی] رعایت کرده است.

بر اساس این فرض کسی که به خدا اعتقاد دارد نمی تواند بی نظر باشد. یعنی باید کافر و ملحد باشیم تا بی نظر باشیم.

- در پژوهش علمی هیچ پژوهشگری ادعای اثبات فرضیه را ندارد زیرا زمانی این کار میسر است که فرضیه به صورت یک حقیقت محض باشد

با توجه به این گزاره علم به دنبال حقیقت محض نیست، بلکه یک حقیقت ابطال پذیر را دنبال می کند (به زعم پوپر). سوال این است که آیا علم دنبال حقیقت نیست یا اینکه مدعی است که حقیقتی وجود ندارد؟

- انسان اولیه رویدادها را به مسائل ماوراء الطبیعه نسبت می داد

از میان مولفه های ایمان که عبارتند از ایمان به خداوند، غیب، فرشتگان، آخرت، کتاب های آسمانی، پیامبران و آیات الهی، چهار مورد اول مربوط به ماوراء الطبیعه هستند. با توجه به این جمله انسان های امروز اعتقادی به ماوارء الطبیعه ندارند یعنی ایمان ندارند. به عبارت دیگر شرط پرداختن به علم، کنار گذاشتن ایمان است.

- علم در صورتی توسعه  می یابد که عالم به جستجوهای خارج از تبیین های ماوراء الطبیعه بپردازد و بر اساس مشاهده های خود پاسخ سوال های مطرح شده را دریابد.

- از طریق مشاهده مستقیم می توان حقیقت را کشف کرد.

یعنی نیازی به غیب و پیامبران و ... خداوند نداریم! و علم به همه سوالات ما پاسخ می دهد!

- دانشمند با واقعیت سروکار دار نه با مفاهیم ارزشی. او هیچگاه در مورد خوبی یا بدی یافته هایش اظهار نظر نمی کند.

یعنی دانشمند ایمان ندارد و به هیچ دینی پایبند نیست و ارزش ها برای او جایگاهی ندارند!

...

با توجه به جملات بالا که در کتب روش تحقیق علمی به وفور یافت می شود، آیا می توان گفت لازمه دانشمند و عالم شدن در حوزه علوم انسانی غربی کنار گذاشتن دین و اعتقادات است؟