چهار ویژگی فطرت از دیدگاه جوادی آملی عبارتند از:
1. معرفت و آگاهی فطری، تحمیلی بر انسان نیست بلکه در نهاد او قرار داده شده است.
2. تغییر پذیر نیست و با تحمیل و فشار نمی‌توان آن را برطرف کرد؛
3. فراگیر و همگانی است و هر انسانی آن را دار است؛
4. گرایش و بینش به کمال مطلق و خالق هستی دارد (جوادی آملی، فطرت در قرآن، انتشارات اسراء، ص 26)
از ویژگی‌های مذکور سه ویژگی اولی مشترک بین غریزه و فطرت است زیرا غریزه نیز در سرشت انسان و حیوان قرار داده شده است، تغییر پذیر نیست و همگانی می‌باشد، امّا ویژگی چهارم اختصاص به فطرت دارد و همین یکی از تفاوتهای غریزه و فطرت است که فطرت، ملاک رشد و تعالی انسانها است (جوادی آملی، فطرت در قرآن، انتشارات اسراء، ص 27) و در واقع هر کمال و صفات نیکی را که انسان به دست می‌آورد مبتنی بر فطرت انسانی است و از طریق شکوفا ساختن آن به دست می‌آید. به عبارت دیگر، غریزه در حدود مسائل مادی است ولی فطرت مربوط به مسائل ماوراء حیوانی است (مطهری، مجموعه آثار، انتشارات صدرا، ج 3، ص 466).
برخی از تفاوت های غریزه و فطرت در جدول زیر آمده است:
تفاوت های غریزه و فطرت
تفاوت دیگر غریزه و فطرت این است که غریزه، خود شکوفا می‌شود، طفل از لحظه‌ای که به دنیا می‌آید غریزة گرسنگی او را به گریه وا می‌دارد و زمانی که به سن بلوغ می‌رسد غریزة جنسی اش خود به خود شکوفا می‌شود و او را به ارضای خود می‌خواند و او هم راه ارضاء و اشباع آن را بدون آموختن می‌داند، این مطلب در حیوانات بسیار واضح‌تر است. امّا فطرت که منشأ کمالات معنوی است چنین نیست، بلکه اولاً باید آن را شکوفا ساخت و ثانیاً پس از شناخت امور فطری و این که فلان مسأله برخاسته از فطرت انسان است، باید اعمال اختیار کرد (مصباح یزدی، محمد تقی، معارف قرآن، موسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی، ج 1 ـ 3، ص 428)
یعنی فطری بودن مسأله، انسان را مجبور نمی‌کند، مثلاً خداخواهی، فطری انسان است و ریشه در فطرت او دارد، امّا انسان اجباراً خداپرست نیست، بلکه خداپرستی یا طرف مقابل آن را با انتخاب و گزینش خود بر می‌گزیند. همان گونه که طبیعت و غریزه در انسان و حیوان که خود به خود شکوفا می‌شود، انسان را مجبور نمی‌کند و او مغلوب قهری غرایز نفسانی و حیوانی خود نیست، بلکه باز هم از روی انتخاب و گزینش خود پیروی از هوای نفس و... می‌نماید. این بود بعضی از تفاوتهای فطرت و عقل که به آن رسیده‌ایم.
